وتحل الوكالة، حسب نص المرسوم، محلّ كل من الهيئة الوطنية للتقييم وضمان الجودة والاعتماد والهيئة الوطنية لتقييم أنشطة البحث العلمي على ان يتم الحاق جميع العاملين فيهما بالوكالة مع المحافظة على النظام القانوني الذي يخضعون له في إداراتهم الأصلية.
وتتمتع الوكالة، حسب نص المرسوم بالشخصية المعنوية والاستقلال المالي، وتخضع لإشراف وزارة التعليم العالي والبحث العلمي ويكون مقرها بتونس العاصمة وتخضع في علاقتها بالغير للتشريع التجاري.
ويتولى تسيير الوكالة مدير عام يتم تعيينه بأمر رئاسي، باقتراح من الوزير المكلف بالتعليم العالي والبحث العلمي من بين أساتذة التعليم العالي أو الرتب المعادلة، ويتم اختياره عن طريق التناظر باعتبار كفاءته وإشعاعه العلمي والأكاديمي وخبرته في المجالات ذات العلاقة بمهام الوكالة، حسب المرسوم.